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Ich benutze schon seit geraumer Zeit darktable um mit Ubuntu ferngesteuerte Aufnahmen zu machen. Dieses „tethered shooting“ oder „remote capture“ funktionierte unter 12.04 solange man nicht am USB 3.0 Port hing. Die Kamera muss vorher aus dem Dateisystem ausgehängt werden, so dass darktable auf die Kamera zu greifen kann. Allerdings musste man – und muss es immer noch – darktable jedes Mal neu starten hatte, falls die Kamera abgeschaltet wurde.

Unter Ubuntu 14.04 lief darktable 1.6 wunderbar „out of the box“ ohne, das irgendwelche Schwierigkeiten auftraten. Unter Ubuntu 15.10 bekam ich darktable 1.6 zwar zum Laufen, aber die Kamera ließ sich auch mit gr0ßem Aufwand nicht für remote capture Aufnahmen einbinden, obwohl es mit gphoto2 funktionierte. gphoto2 ist die Bibliothek die darktable nutzt um eine Kamera fernzusteuern. Der Befehl:

$ gphoto2 --auto-detect

lieferte folgenden Ausdruck

Modell                         Port                                            
----------------------------------------------------------
Canon EOS 600D                 usb:004,008

so dass ich den  Fehler nur bei der Programmierung von darktable vermuten kann.

Seit Weihnachten 2015 ist darktable 2.0 verfügbar und jetzt funktioniert darktable auch problemlos unter Ubuntu Wily. Auch ein Bug, der die Software abstürzen ließ, wenn man in der Auswahl der Verschlusszeiten aus Versehen auf 0.4s scrollte ist nun behoben. Sehr schön!

Da darktable 1.6 nicht unter Wily funktionierte habe ich mich intensiver mit entangle 0.6 auseinandergesetzt, das in den Paketquellen vorhanden ist. Im Gegensatz zu vor zwei Jahren, läuft das Programm nun stabil genug um Aufnahmen damit zu machen. Ich hätte das Programm auch gerne eingesetzt, da es eigentlich alles bietet, was ich mir gewünscht habe. Leider habe ich jedoch keine funktionierende Vorschau erhalten, bzw. konnte ich die Kamera nicht überzeugen in LiveView Modus scharf zu stellen, bevor ich auslöste.

Da nun darktable 2.0 endlich problemlos unter Ubuntu funktioniert um remote capture im LiveView Modus durchzuführen, steht einer produktiven Arbeit mit darktable nun nichts mehr im Wege.

Wer kennt das nicht: Man hat jede Menge Mikrofotos geschossen und stellt später fest, dass man bei einigen Bildern die Maßstabsangabe vergessen hat! Das ist natürlich bei genau den Fotos passiert, die man sich für einen Vortrag oder eine Publikation ausgesucht hat. Ich träume schon lange von einem automatisierten System das solche Fehler verhindert, ganz so wie es bei den neueren Mikroskopen der Fall ist. Für ältere Mikroskope funktioniert das aber nicht, da die Kamera nicht mit dem Mikroskop kommuniziert. Dies, oder man hat sich eine eigene Kameraadaption hergestellt und möchte weiter mit seinem Remote Capture Programm arbeiten, an das man sich schon gewöhnt hat.

Der Artikel beschreibt zuerst welche Dinge man benötigt, welche Informationen auf welche Weise weiter gegeben werden müssen,  und stellt dann ein kleines Skript vor, dass die Aufgabe übernimmt, diese Daten in die Metadaten des gerade aufgenommen Bildes zu schreiben. Die so gewonnen Bilder können mit diesem Skript, das hier vorgestellt wird einen Massstab automatisch einfügen.

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In diesem zweiten Teil dreht sich alles ums Automatisieren. Es geht es darum unseren Photos automatisch Metadaten hinzu zu fügen. Ich nutze derzeit darktable um meine Kamera vom Computer aus fern zu steuern, digikam um meine Photos zu verwalten, und zwei kleine Bash Skripte, die dafür sorgen, dass die QR Codes ausgelesen und in die Metadaten des Photos geschrieben werden. Die Software, die dafür benötigt wird lässt sich bei Ubuntu aus den Paketquellen installieren. Wir benötigen: Continue reading

Wäre es nicht toll, wenn man die Metadaten schon während des Photographierens in die Bilder schreiben könnte, und nicht erst hinterher bei der Nachbearbeitung? In diesem zweiteiligen Beitrag stelle ich vor, wie man mit Hilfe von QR Codes und Tethered shooting, ausgewählte Metadaten, automatisiert in die Bilddateien schreiben kann. Dies spart viel Zeit, z.B. bei der archäologischen Fundbearbeitung und Dokumentation. Der erste Teil behandelt die manuelle Erstellung von QR Codes, der zweite Teil eine Skript basierte Lösung.- Continue reading

Dieser Beitrag erläutert drei verschiedene Methoden, wie man einen Maßstab in eine Mikrophotographie einbaut, und zwar voll manuell, Programm gestützt, und voll automatisch mit einem Shell Skript. Es gibt grundsätzlich zwei verschiedene Möglichkeiten dem Betrachter die originale Größe des photographierten Ausschnitts mit zu teilen: Erstens als Bildunterschrift die uns die Breite des Ausschnitts mitteilt, und, zweitens einen Maßstab. Die linke Mikrophotographie (Klick!) zeigt die Lösung mit einer unaufdringlichen Leiste am unteren Bildrand, die rechte Mikrophotographie zeigt eine Lösung mit Maßstab.

1. Manuelles Einfügen eines Maßstabs
2. Maßstab einfügen mit der wissenschaftlichen Bildverarbeitungssoftware ImageJ
3. Automatisches Einfügen mit Hilfe von Metadaten und Shell Skript

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[tab: Übersicht]
Problem: Das Mikroskop ist zwar gut in Schuss, aber die Beleuchtung ist entweder miserabel, nicht regelbar, oder neue Glühbirnen sind nicht mehr zu bekommen.

Lösung: Eine LED Mikroskopbeleuchtung lässt auch in ihrem Mikroskop die Sonne aufgehen. Lichtschluckende Kontrastverfahren wie POL oder Dunkelfeld stellen plötzlich kein Problem mehr dar. Die verwendete LED, eine CREE XM-L hält für alle Eventualitäten genügend Reserven vor. Die LED wird mit maximal 1600 mA betrieben. Kernstück des Ganzen ist ein von mir entwickelter  LED Treiber und PWM Dimmer, der mit einer Taktfrequenz von 1 MHz, d.h. 1000000 mal pro Sekunde, die Stromstärke regelt. Somit steht auch dem Filmen am Mikroskop nichts mehr im Wege!

LED Adapter werden für alle gängigen Mikroskope gefertigt. Auf Wunsch übernehmen wir auch den Umbau.

[tab: Universal LED Steuerung]
Die Universal LED Steuerung kann alle gängigen LEDs treiben und dimmen. Die Steuerung regelt stufenlos zwischen 0 und 100% Leuchtleistung. Gerade mit den neuen, und sehr hellen LEDs kann das Regeln im Hellfeld zum zu Problemen führen. Die Steuerung verfügt deshalb über einen Bereichsschalter, um die Leuchtleistung auf 10% (werksseitig vorjustiert) begrenzt, da dort nur geringe Leuchtleistungen gefordert sind. Selbstverständlich kann auch dieser Bereich vom Benutzer angepasst werden.

Die Steuerung verfügt über Softstart, d.h die LED wird nicht auf Anhieb mit der vollen Leistung angesteuert, sondern leicht verzögert. Dies verhindert die von linear geregelten Steuerungen bekannten Lichtblitze beim Einschalten.

Sie verfügt weiter über einstellbare Strombegrenzungen, so dass alle für die in der Mikroskopie Verwendung findenden LEDs gefahrlos betrieben werden können.

[tab: Technische Daten]

 LED Adapter

• Hochleistungs-LED Mikroskopbeleuchtung als Austauschlösung
• gedrehter und eloxierter Aluminium LED Adapter und Kühlkörper
• z.B. für Zeiss Leuchtrohr 467040 und Zeiss Illuminator 15
  • oder Adapter passend für Carl Zeiss Jena Einsteckleuchte
  • weitere Adapter für Carl Zeiss Jena Jenaval, Jenamed,…
  • für PZO Biolar
  • zentrierbare Leitz Diavert Beleuchtung

• Umbaulösungen von Halogenlampehäusern, z.B. Leitz Laborlux, …
• Umbaulösungen für JEOL Elektronenstrahl Mikrosonden
• LED: CREE XM-L, wegen des großen Emitters; bessere Ausleuchtung
• natürlich sind auch UV /IR / Farb LEDs verwendbar

Steuerung

• Grobeinstellung 0-100 % Leuchtleistung (0-1600mA)
• Feineinstellung ist frei einstellbar, Voreinstellung: 10%
• Maximalstrom einstellbar:2300, 1600, 1200, 900, 700, 350, 160 oder 50mA
• konstante Farbtemperatur über den ganzen Regelbereich
• LED erreicht maximal 65 ºC unter Vollast
• Aluminiumguss Gehäuse in schwarz, Hammerschlag-grau oder lichtgrau
• Eingangsspannung 4,5-12V Gleichstrom
• Verpolungsschutz
• Wippschalter, zum sicheren Ein und Ausschalten
• im Gegensatz zu linear geregelten KSQ’s wird weniger Strom verheizt
• sehr gut für Batteriebetrieb geeignet
• entwickelt und hergestellt in Deutschland

[tab: Galerie]

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